悄悄吞下这颗苦果，“遂未奏请，以全寅谊”(25)。没有向外界公开他和沈氏
矛盾。
沈葆桢截留军饷
事对雨花台大战没有产生严重影响，主要是因为太平军没有湘军那样坚定意志力。特别是李秀成部，远没有陈玉成部凶悍耐战。这次战役双方相持到十月四日，天气已寒，太平军既无冬衣，正如曾国藩判断那样，粮食补给也不能持续，只好撤退。曾国荃终于顶过来
。这场惊心动魄战斗整整持续四十六天。
但是湘军付出代价也非常惨重，湘军“伤亡五千，将士皮肉几尽，军兴以来未有如此苦战也”(26)。郭嵩焘亦认为此“极古今之恶战”(27)，特别是随曾国荃作战曾国葆战后不久就因为操劳患病而死，令曾国藩又失掉个弟弟。
雨花台大战后，曾国荃胆气复壮。他坚持驻扎雨花台，不肯少退，“派得力哨官回湘募勇”，增加人力，以图合围金陵，所统部队很快增加到三万五千人。曾国藩也调兵遣将，全力支持，将萧庆衍部万五千人调至天京城下助攻，这样围城湘军陆军人数达到五万人。曾国藩又调鲍超攻占江浦，为曾国荃扫清周围。
曾国藩为弟弟获得这首功，做好切准备。曾国荃也很争气，在水师配合下，接连拿下天京城外多个战略要地，特别是与水军联合攻陷太平军坚固设防九洑洲，军事进展看起来很顺利。曾国荃本来听降卒称，南京城中“粮不足半年”，所以认为年多拿下南京应该没有问题。
然而事实却出乎他意料。
正如曾国藩说过“洪逆非诸贼可比，金陵非他城可比”(28)，南京确实比其他城市难攻。湘军进攻南京办法，是乘夜偷爬城墙，二是开挖地道用炸药轰城。然而南京城墙体坚固，墉堞高峻，“至低之处犹及七丈以外”。太平军捍卫首都决心非常坚定，在防御上又经营多年。他们“复工于设守，梯冲百具，无所用之”。要靠爬城墙进去，几无可能。
那就只剩下地道战法。然而太平军除在城墙上严密巡哨之外，还在城内沿城墙挖很多地窖，埋放许多大缸，令人蹲在缸里细听，以确定湘军开挖地道方位。然后或与敌人对挖地道，使其炸药不能奏效，或用重锤将敌人地道砸塌，破坏其轰城计划。有次，湘军虽然轰倒段城墙，但仍隔着护城河，不能迅速涌进，遂被太平军重新封起，坚守如故。
曾国荃百计无效，看来“止可为严守长围，绝其接济，以待其自毙之策”。(29)只有等城里粮绝，活活饿死。然
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