在德国，他仍是威廉皇帝物理—化学和电化学研究所
所长，他在工作中寻找着庇护。而在他周围，反犹主义已经愈演愈烈。暂时被保护在学术绿洲中哈伯和他团队制作出
多种新物质，其中之
是用氰化物制成种气体杀虫剂，其效果之强大，为它赢得“齐克隆”名号，亦即德语中“飓风”。这种化合物非凡功效让首次使用它昆虫学家们都惊呆。在尝试用它给汉堡—纽约航线艘班船除虱后，他们直接写封信给哈伯，夸赞它“在除虫过程中极致优雅”。由此，哈伯创立全国虫害防治委员会，组织对海军潜艇上臭虫和跳蚤，以及陆军军营中老鼠与蟑螂灭杀。而他战斗对象还包括名副其实支夜蛾军团，后者袭击z.府囤积在全国各地筒仓中面粉。哈伯在向他上级报告时，把它描述为“场足以载入圣经灾难，已经威胁到德国人福祉和生存空间”，却不知，他报告对象已经对所有和他样拥有犹太血统人们实施起迫害。
弗里茨在二十五岁时就皈依基督教，他认同他国家和习俗，以至于他孩子们直到他告诉他们说必须逃出德国时，才知道他们祖先。哈伯是在他们之后走，到英国申请避难，却被当地同行们狠喷把：他在化学战中扮演角色，他们太解。所以没过多久他就离开这个岛国。此后，他从个国家逃亡到另个国家，希望能抵达巴勒斯坦，胸口被疼痛紧压着，因为他血管已经无力向心脏输送足够血液。他是九三四年死，死在巴塞尔，去世时手里还攥着扩张冠状动脉用瓶硝化甘油。他完全不知道，仅仅几年之后，他帮忙创造那种杀虫剂会被纳粹用在毒气室里，从而杀掉他同父异母妹妹，他妹夫和外甥，以及其他那
多犹太人；他们都蜷缩着身子，肌肉僵硬，皮肤上是红色和绿色斑块，他们耳朵在流血，口吐白沫，年轻人把孩子和老人都压在身下，他们在赤裸尸堆上攀爬着，只想多呼吸几分钟或几秒，因为齐克隆B在从房顶开口倒下来之后，是会积聚在地面附近。随后，待风扇把氰化物雾气吹散，这些尸体就会被拖到几个巨大炉子里去焚烧。他们骨灰会被埋进万人坑，倒进河里、池塘里，或是撒在附近田地里当作肥料。
在弗里茨·哈伯去世时随身带着少数几样东西里，人们发现封他写给妻子信。在信中他坦言，他感到种难以忍受内疚，但并不是因为他在这多人死亡中
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