在德国，他仍是威廉皇帝物理—化学和电化学研究所的所长，他在工作中寻找着庇护。而在他周围，反犹主义已经愈演愈烈。暂时被保护在学术绿洲中的哈伯和他的团队制作出了多种新的物质，其中之一是用氰化物制成的一种气体杀虫剂，其效果之强大，为它赢得了“齐克隆”的名号，亦即德语中的“飓风”。这种化合物的非凡功效让首次使用它的昆虫学家们都惊呆了。在尝试用它给汉堡—纽约航线的一艘班船除虱后，他们直接写了封信给哈伯，夸赞它“在除虫过程中极致的优雅”。由此，哈伯创立了全国虫害防治委员会，组织了对海军潜艇上的臭虫和跳蚤，以及陆军军营中的老鼠与蟑螂的灭杀。而他战斗的对象还包括名副其实的一支夜蛾军团，后者袭击了z.府囤积在全国各地筒仓中的面粉。哈伯在向他的上级报告时，把它描述为了“一场足以载入圣经的灾难，已经威胁到了德国人的福祉和生存空间”，却不知，他报告的对象已经对所有和他一样拥有犹太血统的人们实施起了迫害。
弗里茨在二十五岁时就皈依了基督教，他认同他的国家和习俗，以至于他的孩子们直到他告诉他们说必须逃出德国时，才知道他们的祖先。哈伯是在他们之后走的，到英国申请了避难，却被当地同行们狠喷了一把：他在化学战中扮演的角色，他们太了解了。所以没过多久他就离开了这个岛国。此后，他从一个国家逃亡到另一个国家，希望能抵达巴勒斯坦，胸口被疼痛紧压着，因为他的血管已经无力向心脏输送足够的血液了。他是一九三四年死的，死在了巴塞尔，去世时手里还攥着扩张冠状动脉用的一瓶硝化甘油。他完全不知道，仅仅几年之后，他帮忙创造的那种杀虫剂会被纳粹用在毒气室里，从而杀掉了他同父异母的妹妹，他的妹夫和外甥，以及其他那么多的犹太人；他们都蜷缩着身子，肌肉僵硬，皮肤上是红色和绿色的斑块，他们的耳朵在流血，口吐白沫，年轻人把孩子和老人都压在了身下，他们在赤裸的尸堆上攀爬着，只想多呼吸几分钟或几秒，因为齐克隆B在从房顶的开口倒下来之后，是会积聚在地面附近的。随后，一待风扇把氰化物的雾气吹散，这些尸体就会被拖到几个巨大的炉子里去焚烧。他们的骨灰会被埋进万人坑，倒进河里、池塘里，或是撒在附近的田地里当作肥料。
在弗里茨·哈伯去世时随身带着的少数几样东西里，人们发现了一封他写给妻子的信。在信中他坦言，他感到了一种难以忍受的内疚，但并不是因为他在这么多人的死亡中
