解释为什
某种益生菌或酸奶只对有些人有效。
像
这样有遗传学背景
科学家往往相信基因决定
人所有生物学特性。当然也有不同意见。非遗传学家相信，人与人之间巨大差异是环境和食物随机作用造就。稍早两项在美国开展双胞胎研究没有发现确凿证据表明基因影响。当听到遗传治疗学家、同时也是未来合作伙伴露丝·雷（RuthLey）在
次会议上陈述她实验结果时，认为原因是实验规模太小，通过开展纳入11000对双胞胎队列研究，或可找到问题答案。
在二十多年时间里，研究双胞胎几百种特质，从宗教信仰、性取向到维生素D和体脂水平，想要找出究竟是基因还是环境决定每个人特征及易患疾病。思路很简单：将同卵双胞胎之间相似之处和异卵双胞胎之间相似之处对比。如果同卵双胞胎有更多相似之处，说明基因绝对参与其中，因为同卵双胞胎遗传物质完全样，而异卵双胞胎和普通兄弟姐妹样，基因只有50%相同。通过简单计算即可得出人们之间差异多大程度是由基因决定：这称为遗传力（heritability）。
们收集双胞胎少量粪便样本，冷冻后发给在康奈尔大学工作露丝·雷。她和团队提取其中DNA，分析具有高度变异性16S基因（前面曾提到）序列，区分不同菌种。在明确每个人体内几千种主要细菌比例后，研究人员进行比较。她们发现任何两个人体内细菌都不怎相似——种类多样得令人惊叹。大体上看，即使是同卵双胞胎也只有50%多细菌种类相同，普通人有40%相同。
当们把细菌按门（phyla）分类后，才发现其中规律。尽管对于许多主要种类细菌比如拟杆菌（Bacteroidetes）来说，饮食和环境起主导作用，但是些影响饮食、肥胖和疾病细菌亚组，例如乳酸菌和双歧杆菌，也受到遗传因素影响。不过这种影响只占部分，超过60%仍然由环境决定。[85]
这结果让许多该领域科学家感到意外。这意味着在肠道内蓬勃繁殖细菌数量和种类部分是由基因决定——这有点像特定花草灌木喜好特定类型土壤。这可以解释现有几种益生菌为什只对有些人有效。只有研发出更多种类益生菌和更有效送达肠道方式，含有益生菌和促进细菌生长成分健康食品才能更好地发挥作用，而不是指望添加有限几种
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