常书鸿担任首任所长。至此，敦煌莫高窟收归国有，它标志着敦煌莫高窟四百多年无人管理、任凭破坏和偷盗
历史结束，敦煌石窟保护、研究和弘扬翻开
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常书鸿先生是个艺术家，是喝过洋墨水，有思想有水平。他1927年留学法国，在油画艺术上有深厚造诣，曾在里昂和巴黎沙龙展中获奖。常先生是在次偶然机会看到伯希和《敦煌石窟图录》后萌生对莫高窟向往。他1936年回国后，先是担任北平艺专教授，“卢沟桥事变”后随校南迁。40年代初期，常先生参加国立敦煌艺术研究所筹备活动，他被任命为敦煌艺术研究所首任所长后，举家迁居敦煌。
掌管敦煌艺术研究所之初，常书鸿先生不断给远方友人和学生写信，希望他们推荐和招聘愿意来敦煌工作年轻人。很快董希文、张琳英、乌密风、周绍淼、潘絜兹、李浴等批年轻艺术家陆续来到敦煌，他们当中很多人是常先生学生。常先生还从重庆招聘批学者，如史岩、苏莹辉等。1945年抗战胜利之后，这些人大多又离开。1946年后，常先生又招募范文藻、段文杰、凌春德、霍熙亮、孙儒僩、欧阳琳、史苇湘等人先后来到莫高窟，他们成为第代莫高窟人。这代人在风沙肆虐、荒凉寂寞大西北戈壁沙漠中，面对破败不堪石窟，以及土屋土桌、无电、无自来水、无交通工具、经费拮据、物资匮乏、信息闭塞、孩子不能上学等种种困难，毫不畏惧，以对敦煌文化艺术无限热爱和倾情保护之心，扎根大漠，含辛茹苦，筚路蓝缕，初创敦煌石窟保护、研究和弘扬基业。
常书鸿先生克服人员和资金短缺困难，在极其艰苦工作条件下，白手起家，边抓保护，边抓艺术。他带领大家清除数百年来堆积在三百多个洞窟内积沙，拆除洞窟中俄国人搭建全部土炕土灶，对石窟做力所能及初步整修，还募款为部分重点洞窟装窟门，修建长1007米土围墙，有效地阻挡人为破坏和偷盗，莫高窟得到初步保护。
与此同时，在缺乏资料和起码研究条件情况下，常所长带领大家开始临摹工作，短短几年就产生第批数百件壁画临摹品。敦煌壁画摹本曾在南京、上海、重庆等地举办敦煌艺术展览中展出。他们还对莫高窟各窟做更合理重新编号；对洞窟内容和供养人题记进行全面调查记录；撰写洞窟说明；设置陈列室，展示文物；制定进窟工作和参观管理办法。
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