本田教授不仅在鉴定书中写
STR法鉴定结果，还写上MCT118法
鉴定结果。
这份鉴定书
递交，科警研便开始在意见书中猛烈抨击。
之前说“蹊跷动向”指就是这个。
此前，本田教授曾多次接受警方和检方委托实施DNA型鉴定，作为证据递交法院。但这次科警研不仅不承认凶手和菅家DNA型不致，还否定本田教授鉴定：
在样本获取、DNA提取、PCR增幅及型号分析等检测技术质量管理，以及检测结果解释上，本田DNA型鉴定技术是不过关，这些
NA型鉴定毫无意义，有弊无利，因此反对。
他们还说，如果再鉴定，“最好用市售试剂实施STR鉴定”，“123bpLadderMarker已经不能使用，当时是人工鉴定，电泳时间与进行电泳凝胶板条件等都非常严苛，如今无法再现当时鉴定手法”。
同时，MCT118法查是长碱基序列，若使用劣化陈旧试样，DNA很有可能断裂，鉴定会遇到技术难题。
即便如此，本田教授仍实施MCT118法鉴定。他认为STR法是主力，但也应该试试当年MCT118法，不过是利用最新计算机技术。他特意定制早已停产MCT118法试剂，反复检测后开始实验。
们来重温下之前鉴定结果。比照当年科警研鉴定与其后发表论文，菅家与凶手DNA型最初是“16-26”，之后由于标记物更改，变成“18-30”（后续若无说明，则直采用新标记物下数值）。可九九七年辩护团悄悄委托押田茂实教授实施再鉴定时，押田教授得出菅家DNA型是“18-29”。
此次，本田教授以MCT118法得出鉴定结果也是“18-29”。
这
看来，科警研逻辑是说不通。菅家与凶手在MCT118法下DNA型根本不致。
更令人震惊是，根据本田教授鉴定，从衬衣上验出凶手DNA型是“18-24”。那科警研当时鉴定出“18-30”型去哪儿？
得知鉴定结果佐藤博史律师在记者见面会上大发雷霆：“之前科警研在论文中将26型改为30型。可这次鉴定结果显示凶手DNA型是24。这是鉴定技术上重大失误，他们鉴定简直是胡闹！”
本田教授也做说明：“鉴定刚开始，菅家与凶手DNA条带就错开，看不禁后背凉。科警研居然会犯这种错。重复鉴定四百多回，结果都是样。”
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