世和枢密院许诺过
资金也没有兑现。最终他凭借极大耐心打动
国王和王室代理人。然而最后，他又遇到
个最棘手麻烦：他伙伴法力罗。这个没有任何航海经历人，认为他和麦哲伦应该同时担任指挥官，但这是个不可能实现要求。如果满足这个要求，那
麦哲伦船队在这次漫长航行第步中都无法幸存下来。没有人确切地知道麦哲伦是怎克服这个挑战。有人说，法力罗后来疯；有人说，西班牙任命他为另个航海行动指挥官，但是航海计划从来没有实施过。不管怎样，法力罗还是把自己地图和天文航海表交给麦哲伦。1519年9月20日，麦哲伦和他船员们拉起印有圣詹姆斯十字架船帆，顺风向西启航。
麦哲伦摩鹿加船队从西班牙启程出发，开启场未知探险之旅。
随着“特立尼达”号起航，这位船队指挥官看到身后大陆慢慢地消失。然后，他不安地打开岳父在起航前最后时刻送来紧急信件，从信中他得知三位船长阴谋。为首是“圣安东尼奥”号船长胡安·德·卡塔赫纳（JuandeCartagena），他是布尔哥斯主教亲信，据说是主教私生子。迪尔戈·巴博萨获知，只要时机成熟，卡塔赫纳就会发出反叛信号。
巴博萨所说并非危言耸听，麦哲伦能感受到这些年轻人敌意。其中位在船队离开塞维利亚之前，就蓄谋场与麦哲伦公开争吵；而且西班牙人可能在麦哲伦透露航海计划路线之后就将杀害他。麦哲伦不得不认真对待这个警告，这是他领导权威在这次航行中遇到第个挑战。如果不能完全消除疑虑，他就揭露这个阴谋。如果耐心和缜密是他特点话，那他也是个暗藏心机、坚持纪律严明人，并决定不惜任何代价在下属面前树立威信。如果这个情报是真，密谋叛乱就是犯罪，但是这三位船长怨恨感不能算犯罪。作为皇家委员会*员，他们认为麦哲伦理所当然应该信任他们，会给他们提供地图，告诉他们具体航线，最重要是，会告诉他们通道具体位置。
然而，麦哲伦什也没有告诉他们，什也没给他们。他决心镇压任何反叛，但又不造成任何损失，于是同这几位西班牙船长保持着安全距离。从西班牙到巴西第个十周，其余船只都要跟随在旗舰之后。每天傍晚，“特利尼达”号就会挂上盏灯，其他船只奉命保持在这盏灯视线范围之内。日落之后，这盏灯就会亮起，“圣安东尼奥”号
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