人们对肠道酵母菌还几乎
无所知。真菌只有在疯狂生长，不受肠道微生物遏制时才会致病。许多真菌在肠道内，与肠道细菌和作为宿主
人体和平共处，互惠互利。些替代疗法治疗师常常将些不典型症状误诊为是由念珠菌（candida）异常繁殖所引起，开出各种荒诞无效药方，试图清除原本就存在于体内真菌。正常菌群是抵御大规模真菌感染关键。当面临真菌感染威胁时，细菌或许可以通过将信号传递给免疫系统，从而击退感染。可是在服用抗生素或者免疫功能不全情况下，这微妙平衡就会打破，随之引发例如念珠菌等真菌感染，这种感染常见于口腔和舌头上。
许多女性都患过念珠菌性*d炎。乳酸菌可以控制这种感染，而酸奶中含有乳酸菌，因此网络上常常推荐用酸奶治疗该病。还没有实验证明该疗法有效，不过个澳大利亚研究团队招募
270名将要接受抗生素治疗女性，并跟踪观察她们患上念珠菌性*d炎情况，1/4女性患病。研究人员将观察对象分成两组，组给予口服乳酸菌或*d局部使用乳酸菌，另组给予安慰剂。不过结果表明，益生菌对预防感染完全无效。[192]还没有用全脂酸奶涂抹*d来治疗念珠菌性*d炎试验，但即便不能治疗感染，这也有舒缓作用。免疫学家正在研发经过基因修饰乳酸菌菌株，这些菌株可以抵抗*d病毒，减少艾滋（HIV）等病毒感染。[193]*d用酸奶能否成为流行健康用品仍有待验证，不过潜力巨大。
中国人食用蘑菇已经有几百年历史。尽管目前还没有在人身上开展蘑菇功效试验，动物试验已经表明，用蘑菇喂养大鼠6星期，可以增进健康。蘑菇可以增加肠道菌群多样性和肠杆菌种类，对肠道感染和炎症有防护性作用。[194][195]
真菌蛋白（mycoprotein）或者阔恩牌素肉（QuornTM）是种人们常吃真菌类食物，不过人们大多不知道它来源。其实它是研究人员采集生长在土壤中原生菌种镰刀菌（Fusariumvenenatum），并像祖先培育农作物样在实验室培育出来。它含有44%蛋白质，与卵白蛋白混合后产物拥有肉质地。它是欧洲最常见肉食替代品。
阔恩在美国没有那
受欢迎，因为大豆蛋白使用背后有强大支持，真菌蛋白饱受指责。在宣传中，阔恩被打造成蘑菇类产品，而事实上它是从完全不同种真菌中提取出来。就像任
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