文《敦煌考古四十年》。
1994年评为研究馆员专业技术职称。为纪念敦煌研究院成立50周年，主持筹办“1994年敦煌学国际学术讨论会——敦煌研究院建院50周年”。赴台湾参加“海峡两岸博物馆事业之交流与展望学术研讨会”，发表论文《敦煌莫高窟
保护》。负责向国家计划委员会申报莫高窟用水工程项目。负责向国家财政部争取到莫高窟通信设施经费。
1995年担任中国宗教学会第三届理事会理事。荣获甘肃省优秀专家称号。主持完成榆林窟东崖危崖锚杆加固和裂隙灌浆工程。应邀赴泰国参加“亚洲未来国际学术会议”，并发表论文《敦煌莫高窟开放对策》。在美国盖蒂保护研究所发表主题演讲《莫高窟今后保护工作设想》。
1996年主持筹建“中国敦煌石窟保护研究基金会”，并参加在人民大会堂举行成立大会，担任副理事长。主持敦煌研究院、日本东京都美术馆、朝日新闻社、朝日电视台联合举办“沙漠中美术馆——永远敦煌”筹展工作。应邀赴日本参加敦煌莫高窟保存与相关问题国际研讨会，发表论文《敦煌莫高窟保护与国际合作概要》。
1997年应邀赴印度英迪拉·甘地国家艺术中心参加“收集整理中亚文物信息国际讨论会”，发表论文《敦煌莫高窟及其保护、研究工作》。与美国盖蒂保护研究所阿格纽先生合作撰写《敦煌——中国佛教宝藏》，在《科学美国人》（ScientificAmerican）杂志上以英文发表，在《科学》杂志上以中文发表。赴日本与东京国立文化财研究所协商继续合作研究保护莫高窟事宜。为北京大学中文系古典文献专业实习学生做主题讲座。
1998年任敦煌研究院院长。任第九届全国政治协商委员会委员。赴浙江大学签署《多媒体与智能技术集成及艺术复原》课题协议书。为美国丝路基金会考察团做《敦煌莫高窟分期方法与成果》学术讲座。赴山西大同参加“首届中华石窟旅游讨论会”，并做
《如何处理好保护与旅游关系》发言。编著《中国美术分类全集·中国壁画全集·北周卷》，辽宁出版社出版。
1999年被聘为中国敦煌吐鲁番学会副会长。主持启动敦煌研究院与梅隆基金会、美国西北大学合作项目“敦煌壁画数字化档案”。编著《安西榆林窟》由甘肃民族出版社出版。论文《丝绸之路上敦煌莫高窟（二）·敦煌艺术创造和它创造者》发表于日本《近畿化学工业界》。
2000年全面主
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