1999年10—11月，为配合莫高窟窟前环境整修工程，对第96窟（北大像）窟前和窟内进行
清理发掘。窟前发现民国、清代、元代、西夏及初唐时期
殿堂遗址和遗物；窟内发现民国、清代、元代、西夏及初唐时期洞窟地面和遗物。这
次发掘，首次发现莫高窟初唐时期窟前殿堂遗址，恢复北大像原有高度，为莫高窟南区窟前地貌变迁提供资料。
1988—1995年，经过对莫高窟北
步校勘、增补，使其内容不断完善、准确。在调查过程中对石窟内容和时代有新认识，新发现。
第四个时期是改革开放以来四十年，这时期是敦煌石窟研究全面发展时期。
敦煌文物研究所扩建为敦煌研究院。扩建后研究院扩大编制，增设部门，汇聚人才，在敦煌石窟考古报告、洞窟断代分期等方面，都取得批为学术界瞩目研究成果。
这时期敦煌研究院石窟考古研究包括以下几个方面工作。
第，石窟内容和供养人题记调查、记录和出版。
石窟内容和供养人题记调查、记录是石窟研究基础性工作。至七八十年代，在前人研究基础上，经过再次复查、校勘、增补，凝结几代人心血重要研究成果—《敦煌莫高窟内容总录》《敦煌石窟内容总录》《敦煌莫高窟供养人题记》等终于问世，为学术界研究敦煌石窟提供实用权威基础资料。
第二，敦煌石窟考古报告编撰。
20世纪80年代末期开始再次将敦煌石窟考古报告提上议事日程。经过长期探索历程，扩大考古报告团队力量，在研究院考古研究所成立考古报告编写小组，院里成立与考古报告有关专务部门组成《全集》工作委员会，拟定《全集》编辑出版规划，确定石窟考古编写体例，加强科技手段。经过反复挫折、反复修改，综合考古、美术、宗教、测量、计算机、摄影、物理、化学等人文和自然学科领域研究成果和技术，终于编纂出版具有科学性和学术性《敦煌石窟全集》第卷《莫高窟第266—275窟考古报告》。
第三，石窟遗址和洞窟清理发掘。
1979—1980年，恢复60年代中断莫高窟南区窟前殿堂遗址发掘。此次在莫高窟南区南段清理出第130窟窟前下层遗址，是莫高窟窟前规模最大铺砖殿堂建筑遗址。1985年，将“w.g”前后莫高窟南区窟前殿堂遗址发掘资料进行整理，出版发掘报告《莫高窟窟前殿堂遗址》。
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