变异，最终导致物种本身改变。达尔文和华莱士连孟德尔遗传学都不知晓，更别提DNA
。他们仅仅通过观察自然就提出这样假说，其洞察力着实令人惊叹。不过，正因为这样，自然选择说也被批评为只论述进化某
方面。达尔文进化论只考察突变发生后情形，却对突变基于何种机制产生并无涉及。这种假说没有揭示进化现象全貌。
随着分子生物学发展，这领域出现许多新突破。核辐射等外部原因，或者形成生殖细胞时DNA复制错误，都会导致生物遗传信息变异。实际上，由三十亿个碱基对组成人类基因组，每两年就会有个DNA上碱基被别碱基替代。可是，这种随机变异几乎都是中性，对生存无利无害，是否会作为物种整体变异固定下去完全取决于偶然。
最近数十年间，分子生物学领域大发现层出不穷，定论接连被改写。除单个碱基替换、即位点突变之外，基因组也会变化。个基因被复制，然后移动到别部位，或者整条DNA链被复制两次，这些在生物进化史上都曾经发生过。这种剧烈碱基序列变化便是生物进化原动力。此外，上世纪末，又有个惊人发现：即使DNA不发生变化，生物性状也会变化。甲基和乙酰基等原子团，可以促进或抑制基因表达。而且，因为这种化学修饰在亲子间能准确遗传，所以下代将会继承上代变异。
对这种DNA变异机制解得越多，鲁本斯就越是觉得，生物进化比从前认为更迅猛剧烈。换言之，生物进化速度远超过地质学变化。正如《海斯曼报告》所指出那样，“生物在漫长时间中积累着细小变化，然后在某个时候，性状突然发生巨大改变。”
对人类进化做个总结吧。六百万年前，某灵长类分出两条分支，条黑猩猩分支，条人类分支。但不可思议是，六百万年间，黑猩猩基本没发生进化，而从拉米达地猿进化到人属期间，至少诞生二十种以上人类，最终演化为现在智人。但这种进化并非只有条线，而是有多条分支并行。在太古时代，地球上同时存在多种人类。五万年前离开非洲大陆、扩散到整个地球新人应该也遇到直立人和尼安德特人。与黑猩猩相比，人类进化大大加速，对于这种现象，学界陆续提出若干解答。
在人类大脑基因中，有许多提高进化速度物质，其中有种同大脑皮质形成有关基因，叫作“人类加速区1”。自从这个基因在生物进化过程中出现，
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