瓜州是大顺在关西最大
驻防城市，守军有四千人之多，竟然这样轻而易举地被准部攻占。
而且瓜州处在沙州和哈密城后方，是前线顺军联系嘉峪关必经要点，瓜州沦陷以后，还驻留在哈密最前线张国武、康大眼两部，便成为
孤悬于外海外偏师，陷入孤立无援、弹尽粮绝困境。
刘芳亮闻讯以后，首先向朝廷上书请罪，李来亨不许，反而继续授予刘芳亮便宜行事专任大权。
刘芳亮随即下令免除处置不力甘肃省观察使、营田使和都捕盗使等人职务，重新请求朝廷委派得力*员赴任，同时将顿兵不前、增援瓜州不力嘉峪关守将逮京下狱，启用
大批出身讲武堂少壮派军官任事。
完成内部整顿同时，刘芳亮又派遣李懋亨督军出关，负责起收复瓜州和救援沙州、哈密两城重任。
噶尔汗国政权。
这样敌人，当然不可能是顺军对手。
顺、准之间首次冲突，即发生在哈密附近。
僧格浑台吉派遣与他关系不睦哥哥车臣率军侵攻哈密，并许诺其攻陷哈密以后，便允许其自领部在哈密和青海附近游牧。
在这样许诺下，车臣召集亲信部下二千余骑，又四处从其他部落中搜集大量愿意跟随其前往哈密和青海带游牧蒙古人，聚集起上万兵力，加上沿途起东进妇孺老弱，形成支多达万帐大军。
其时准军调集大兵，正在围攻弹尽粮绝沙州城。
沙州守军本就只有千多人而已，城中居民又皆非汉人，难以进行有效动员，旦居民叛变，内外
为应对准部东侵，刘芳亮便离开兴京长安府，亲自前往甘肃兰州坐镇指挥。
当时顺军以张国武领兵千多人驻守沙州，康大眼领兵二千多人驻守哈密。由于嘉峪关以外，沙漠广布，道路难寻，城市依靠绿洲维系生存，相互之间仅有可供小规模商旅通行商路，大军互相难以联系。
准部侵入哈密后，柴达木盆地西北各绿洲小镇迅速沦陷。车臣率领万帐部落迁徙大军，沿着金山北麓直接挺进向嘉峪关方向。
负责驻守嘉峪关外顺军最大据点瓜州城守军将领，由于强行推行编户齐民政策，同当地回回、蒙古土著不和。当获悉准部逼近瓜州时候，顺军守将又强迫城外百姓放弃田宅撤入城中，对于不愿撤走者，则强行放火焚毁其房屋。
这样做法导致车臣绕行金山北麓，突然抵至瓜州城下时候，城内回回、蒙古土著便趁机发起反叛，杀害顺军守将及全城汉人将士、官佐以后，开城迎接准噶尔军入城。
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