父命离开武昌南下，跳出这个是非圈子。
不久，来武昌调查督抚纠纷
钦差回到京师，将曾国荃所列官文各条
驳回。都察院御史上书，奏官文为肃党余孽事既不成立，曾国荃则为诬陷，例应反坐。其他各省督抚中也有人上奏，说曾国荃侍功傲物，打仗失败，应予惩治。
慈禧太后对此事颇感为难。她既需要官文这样忠实家奴，也需要曾国荃这样能斗鹰犬。眼下捻军势力强大，国事未安，曾氏兄弟和湘淮军是她依赖柱石。但官文无过受辱，朝野物议甚烈，不压压曾国荃也难平众怒。她想给曾国荃个“降二级处分”，犹如当年曾国藩为杨健请入乡贤祠所得结果样。
这时，接替杨岳斌任陕甘总督左宗棠，给朝廷来
份词气亢厉奏疏，称赞曾国荃劾官文疏，是当今天下第篇好文章，第等好事，人心大快，正气大张，并以自己在湖南抚幕多年身分为证，指责官文贪劣庸碌，不堪封疆重寄，请求太后、皇上撤官文之职，以昭朝廷公正之心。左宗棠正处在平回民之乱前线，他这封奏折分量，远胜他省督抚和都察院御史。曾国藩密保官文奏折此时也到慈禧手中。慈禧是个精明人，她深知曾国藩不早不迟，恰好这时来封保官折子，无疑是在为弟弟弥缝，希望这件事不要水火不容地闹下去。曾国藩这个态度很使慈禧欣慰。她想：倘若曾国藩和弟弟站在边，坚决与官文为敌，那就更麻烦；曾国藩面子还是要给。慈禧决定按督抚不和处置成例来个和稀泥。于是将官文内调京师，以大学士掌管刑部，兼正白旗蒙古都统，调李鸿章为湖广总督。因苏抚职暂不能离开，遂调湖南巡抚李瀚章暂署湖督，由刘昆接替李瀚章。对曾国荃则未加任何指责。场大风波就这样平息。
正当曾国藩为九弟平安度过险境，湖督职落入湘淮军手中而欣喜时候，赖文光、张宗禹趁着清廷官场这场内耗大好时机，在禹州大败郭松林部，然后挥师北上，率领五万铁骑，轻而易举地突破由豫军守卫朱仙镇至开封府带防线，昼夜急驰，挺进鲁西。苦心经营半年之久河防大计，夜之间便付之东流。消息传来，曾国藩在济宁州病不起。
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