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原国会议员在广州开会，选举孙中山为中华民国军z.府大元帅，孙中山任命章太炎为大元帅府秘书长。不过，军z.府基础其实很不牢靠。孙中山除
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批追随者，基本上没有能直接指挥军队，因此必须依靠西南军阀力量。而陆荣廷、唐继尧等西南军阀愿意和孙中山合作，是为让孙中山帮自己牵制北洋军阀，使自己能利用南北双方矛盾来割据地方、保存实力。1918年，非常国会通过《修正中华民国军z.府组织大纲》，将元帅制改为合议总裁制，使孙中山地位越发有名无实。此外，在章太炎那里，他本意是让孙中山拥戴黎元洪当总统，以此表示尊重民国法统。但孙中山自己，包括听命于孙中华g,m党党员，却希望让孙中山成为中国最高领袖，这就与章太炎想法不无分歧。更为重要是，在时人眼里，北洋集团固然绝非善类，但民初旧国会也并不能真正代表民意。它只是那些政客争名逐利、分赃斗法工具。因此孙中山等人高举护法旗帜，其实比较缺乏社会基础。
章太炎认为要想增强军z.府实力，笼络团结西南军阀至为关键。他在1917年初就向后者喊话：“诸公藩翰西南，干城是职，惟愿勠力心，嘉猷入告，使黄陂（黎元洪）外得援助，则争去就者不能要挟，而黩武之祸自纾。”为进步联络西南军阀，同年9月，章太炎主动提出去云南等地与唐继尧等人面商护法事宜。可唐继尧等人虽然表面上十分尊重章太炎，任命他为滇黔靖国联军总参议，但实际上却依然打着自己盘算。章太炎屡次催促唐继尧出兵护法，夺取湖北，控制南北交通枢纽，可后者目却是借机占据四川与贵州，实现其“大云南主义”。在唐继尧眼里，孙中山属于“激烈分子”。因此章太炎西南之行除与当地文人学士颇多往来，并未达到其主要政治目标。就像章太炎在西南地区境遇样，整个护法运动最终也无果而终。孙中山、章太炎等人想通过依靠派军阀来反对另派军阀方式实现自己政治主张，在当时政治背景下，无疑是很难奏效。
正当章太炎在为时局奔走呼吁之时，场改变中国近代历史面貌事件正在酝酿并爆发。1915年，《青年》（后改名为《新青年》）在上海创刊，主编是自清末起就参与政治运动陈独秀。这份刊物最初撰稿人，多为经历不少政局变动中年知识分子，正是由于对活跃于政坛上各派力量极度失望，他们才希望用这份以“青年”为名刊物向广大中国青年喊
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