首任会长蔡元培又是进士出身，所以自然不觉得自己应居于同盟会之下。当光复会与同盟会为g,m事业共同奋斗时，二者之间并无畛域，可
旦出现矛盾或分歧，除非领导者们有很强
大局意识与团结意识，否则很难不产生内讧。
彼时g,m党主要领导人聚集在日本。日本z.府之所以允许他们在此间活动，并不是因为其统治阶级如何同情g,m，毕竟g,m党人所宣传m;主共和思想对于作为君主立宪国日本而言没什
好处，而主要是因为日本统治阶级想把他们当作可以扰乱并操控中国政局工具，因此基本是以利用态度对待g,m党。当日本z.府需要和清z.府搞好关系，或者日本统治阶级内部不同派系之间发生冲突，g,m党所受到待遇就会发生变化。1906年12月，g,m党发动萍浏醴起义，清z.府遂向日本z.府提出请求，让后者逮捕并引渡孙中山。而当时日本执政者眼见美国盯上中国东北，为防止清z.府与美国建立更为密切关系，损害日本在东北利益，日本z.府决定做些向清z.府示好动作。
因此，日本z.府在1907年初要求孙中山离境。但为
不和孙中山断绝关系，日本政坛元老伊藤博文委托右翼团体黑龙会头目内田良平去宴请孙中山，还送给孙中山笔资金以示抚慰。这引起g,m党内部不小非议。关于此事详情，谭人凤回忆：
日z.府派交涉员劝中山出境，送以程仪万金，中山受之，并于神户巨商铃木处借得万金，遂去日本。临行之际，招重要党员，宴会于歌舞伎座，颇尽欢。后章太炎先生闻中山得日赂，去时引党员宴会，以为去不返之保证，颇不平。幸同人调停解释，表面尚得曲全，惟同志之精神，则由此稍形涣散矣。东京为全国志士荟萃之区，《民报》又为同志总机关，最重要之处所。中山身为总理，橐贮多金，仅以五百金予之，以后遂听其自生自灭。异哉！且丈夫重意气，日z.府既无理干涉，堂堂总理，受此万金何为？厥后日人对
党，日存鄙夷之见，何莫非因此事以启其轻侮之心耶？
不可否认，即便在g,m处于低潮时，孙中山依然意志坚定，不气不馁，特别是不断想方设法为g,m运动筹集资金。因此，从他立场出发，接受日本人馈赠，将其用于g,m事业，本无可厚非。但在旁人看来，孙中山等于是被日本z.府驱逐出境，却还要接受日方赠款，这似乎有损气节。更有甚者，当时g,m党严重缺乏经费，孙中山拿到笔资金，却不和
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