有灵魂、有意识。早在1897年，章太炎就在宋恕那里读到
谭嗣同《仁学》
抄稿，但他觉得此书内容比较杂糅，因此评价不高。1898年，孙宝瑄也多次在日记里记载章太炎对《仁学》评价，当然主要还是以批评为主。
在戊戌变法期间，康有为为宣传变法思想，借鉴西方宗教史内容，将孔子诠释为开创孔教教主，并将儒家思想神秘主义化。对此，章太炎在《儒术真论》
文里，通过从《墨子》当中钩沉与墨家进行辩论战国儒者之言说，认为在战国时期儒者特征恰恰不是宗教化、神秘化，而是拒绝言鬼神之事，强调要从社会实践出发思考问题。章太炎强调孔子之所以被称为圣人，正是因为他“以天为不明”与“无鬼神”。所谓天道，原本就是人们因为不解自然现象而产生种主观想象，随着自然科学进步，人们会更为深入地认识天体运动规律，而人生老病死也属于自然现象之，并无鬼神之道掺乎其中。此外，人性格和资质主要由后天熏染而成，正是有着这样认识，为实现理想社会状态，孔子才致力于明庶物，察人伦，从社会生活与社会实践当中总结归纳人伦之道，而不依靠宗教来惑世诬民。这种以人为主体，重视对历史经验与社会关系进行总结升华极强实践性，实为儒家思想光辉之处。后来章太炎重视历史，强调“依自不依他”，反对建立孔教，都可以从这篇文章里窥见端倪。
针对谭嗣同哲学思想，章太炎在《视天论》与《菌说》中进行较为系统回应，并借此提出自己对于宇宙生成与万物进化观点。在《视天论》文里，章太炎借助他所接触到近代自然科学，特别是天文学知识，认为自然界中万物运动是各个物质相互吸引而形成，因此具有极强物质属性，而非受制于个外在于自然界物质“天”。人们之所以想象出个外在于自然界物质运动、具有主宰意志“天”，主要是因为不解大气层运动规律。就此而言，所谓“神道设教”之语，不过是虚妄之论罢。
在《菌说》文里，章太炎重点论述人物质属性。在他看来，人出生、成长和衰老，与其他自然界生物样，都可以从生物学角度来认识，此即所谓“内有精虫，外有官骸，而人性使具”。而谭嗣同借以构建其哲学体系关键之物“以太”，其实只是种借着自身振动来传播光波与电磁波物质，尽管它比原子还微小，但却依然是种物质实体，而“不得谓之无体”。因此，只能从自然界
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