门及其顾问面前
只有两个问题：最后通牒应当如何警告日本z.府？如果日本z.府不予理睬，那
日本哪些城市该成为目标？关于第二个问题，杜鲁门同意过渡委员会意见，也认为周围全都是工人宿舍兵工厂是最理想目标。他对史汀生说，把原子弹投向“具有重要军事意义军工中心”符合“战争法则”。许多城市都被纳入考虑范围，包括日本旧都京都。然而，由于史汀生指出，京都对于日本人来说是地位十分重要“文化和宗教圣地”，所以它被剔出名单。在征求史汀生、乔治·马歇尔、“哈普”·阿诺德意见后，杜鲁门批准
最终被选作目标4座城市：广岛、小仓、新潟、长崎。杜鲁门写道：“选择顺序是依据这些城市军事重要性，但轰炸机在执行投弹任务时也应当考虑实际天气状况。”他在日记中还写道：“
对史汀生说……使用原子弹，要把军事目标、士兵、水兵当作攻击对象，不要伤害老幼妇孺。就算日本全都是野蛮、无情、冷血狂徒，们也绝不能对日本旧都和新都（东京）使用这种可怕炸弹。”
7月24日，美国陆军战略航空兵司令官卡尔·斯帕茨(CarlSpaatz)上将接到命令：“8月3日之后，只要天气情况允许，就尽快”投掷第
颗原子弹。杜鲁门告知史汀生，除非史汀生通知他说，日本z.府对最后通牒给出“令人满意”答复，否则投掷原子弹命令就直有效。根据白宫地图室值班军官乔治·埃尔西中校记述，杜鲁门之所以会把时间定在8月初，是因为到那时他就已经离开德国。埃尔西回忆道：“他想远离俄国人，赶在第枚原子弹真正落下以前回家。”埃尔西中校当时也在波茨坦。
7月26日晚，杜鲁门签发要求日本投降最后通牒，即《波茨坦公告》。公告开篇文字是：“余等：美国总统、中国国民z.府主席及英国首相代表余等亿万国民，业经会商，并同意对日本应予以机会，以结束此次战事。”兵力数倍于对德作战庞大部队“即将予日本以最后之打击”。所以，“现时业已到来，日本必须决定途，其将继续受其意孤行计算错误，使日本帝国已陷于完全毁灭之境之军人之统制，抑或走向理智之路”。
尽管史汀生存有保留意见，但公告还是要求“日本z.府立即宣布所有日本武装部队无条件投降”，否则日本“即将迅速完全毁灭”。尽管公告全文没有特别地指出原子弹存在，但公告威胁意味不言自明。此外，公告也没有表示允许
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